Para a obtenção do título de Mestre em Ensino de Biologia, o discente vinculado ao PROFBIO/UFCA precisará cumprir com as seguintes etapas durante sua formação:
- Cursar todos os componentes curriculares (disciplinas) obrigatórios (Figura 1), no formato presencial. Essas disciplinas versam sobre conhecimentos biológicos, pesquisa em ensino de Biologia e trabalhos na sala de aula.
- Realizar todas as atividades obrigatórias propostas (Figura 1), incluindo a Atividade de Aplicação em Sala de Aula (AASA) e a elaboração e entrega do projeto de dissertação;
- Prestar, ao final do primeiro ano e início do segundo ano, após cursar os componentes curriculares de Biologia 1 (BIO 1) e Biologia 2 (BIO 2), o exame nacional de qualificação, aplicado para todos os discentes da rede PROFBIO nacional aptos em datas previstas pelo calendário da rede;
- Cursar, no mínimo, 90 (noventa) horas de carga horária de disciplinas optativas;
- Comprovar aprovação em teste de suficiência em língua estrangeira (inglês ou espanhol para brasileiros natos ou naturalizados; português, para estrangeiros não-naturalizados);
- Desenvolver, qualificar e defender a dissertação, denominado trabalho de conclusão do mestrado (TCM);
- A partir do trabalho obtido, construir um recurso educacional (produto);
- Participar de encontros anuais com docentes, mestrandos e egressos.
Na figura 1, segue a Matriz Curricular adotada para toda a rede nacional PROFBIO.
Componentes curriculares obrigatórios
| SEMESTRE | COMPONENTE | TIPO | CARGA HORÁRIA |
| 01 | Introdução ao Ensino de Biologia (IEB) | Disciplina | 48h |
| 01 | Biologia 1 (BIO 1) | Disciplina/Módulo | 112h |
| 02 | Biologia 2 (BIO 2) | Disciplina/Módulo | 112h |
| 02 | Biologia em sala de aula (BSA) | Disciplina/Módulo | 48h |
| 02 | Elaboração e entrega do projeto de dissertação | Atividade | |
| 02 | Suficiência em língua estrangeira | Atividade | |
| 03 | Práticas de Pesquisa em Ensino de Biologia (PEB) | Disciplina | 32h |
| 03 | Exame Nacional de Qualificação | Atividade | |
| 03 | Atividade de Aplicação em Sala de Aula (AASA) | Disciplina | 32h |
| 04 | Qualificação da dissertação (TCM) | Atividade | |
| 04 | Defesa da dissertação (TCM) | Atividade |